제주항공 참사 조사를 전담하는 기구는 국토교통부 소속 기관인 항공철도사고조사위원회이다.
장만희 전 국토부 항공교통본부장이 위원장, 주종완 국토부 항공정책실장이 상임위원을 맡고 있다.
이외에 항공분과 비상임위원이 네 명 더 있지만, 실제 현장 조사는 위원회 소속 공무원인 항공사고 조사관들이 수행한다.
항공철도사고조사법은 위원회의 독립성을 강조하지만, 인사와 예산 등 국토부 장관의 지휘·감독을 받는다.
국토부는 피해가 커진 원인으로 지목받는 콘크리트 둔덕 등의 관리 책임이 있는 이해관계자이기도 하다.
유족 대표단은 국토교통부가 '셀프 조사'를 하고 있다며 이해충돌 문제를 제기한다.
우리와 달리 미국 국가교통안전위원회, NTSB는 연방 기관으로 독립된 인사·예산권을 갖고 있다.
보고서 작성에 행정부 개입도 없고, 의회에 직접 보고해 독립성에서 차이가 있다.
캐나다와 핀란드 등도 독립적인 사고조사기구를 운영하고 있다.
국토부는 사고조사위원회의 조사는 독립적으로 공정하게 진행되고 있다는 입장을 밝혔다.