
5.16군사정변과 정치 정화법
1961년 5월 16일 새벽 제2군사령부 부사령관인 소장 박정희와 육사 8기생 주도세력은 장교 250여 명 및 사병 3,500여 명과 함께 한강을 건너 서울의 주요기관을 점령하고 곧이어 박정희가 부의장으로 취임하고 육군참모총장 장도영이 의장으로 추대된 군사혁명위원회를 구성해 전권을 장악하고, 정변의 성공과 6개항의 '혁명공약'을 발표하였다.

국제연합군 사령관 매그루더는 군부를 인정하지 않고 진압명령서를 들고 대통령 윤보선을 찾아갔으나 윤보선은 "국군끼리 전투를 벌여 서울이 불바다가 되면 북한의 공산군이 기회를 노려 남침한다."며 끝까지 반대했다.
장면 총리는 카르멜 수도원에 피신하여 숨어 있다가 5월 18일에 나와 하야를 선언한다.
반면에 윤보선 대통령은 사흘 뒤인 5월 19일에 하야 성명을 발표했다가 바로 다음날 하야를 번의하는 성명을 발표한다.

당시 장면정부와 민주당은 이승만 정권시절의 부정한 세력을 척결하지도 못했고, 자신들의 분열과 부정부패를 정화하지도 못하는 무능함만을 드러내고 있었으며 윤보선 대통령을 그러한 장면 내각을 신뢰하지 못하는 체념상태에 있었던 것으로 보인다.
공화당의 출현
결과적으로 정변에 성공한 군 세력은 즉각 군사혁명위원회를 구성한데 이어 국가재건최고회의로 개편해 전권을 장악하고, 이른바 정치정화법을 제정하여 선포하고 정치정화위원회를 구성하여 적격 판정을 통해 근 3천여 명에 이르는 구시대 인사들의 정치활동을 금지 시킨다.
정치활동 정화법이 통과되자 윤보선 대통령은 1962년 3월 21일 박정희 국가재건 최고회의 의장을 청와대로 불러들인다. 그 자리에서 윤 대통령은 자신의 대통령직 사임을 표명하고 당시의 비상조치법에 따라 박정희 최고회의 의장이 그를 승계하여 대통령 권한대행이 된다.
국가재건최고회의는 민정이양을 약속하고 1962년 12월 31일 상오 정치정화법에 묶인 구 정치인 중 장면을 제외한171명을, 이어 1963년 2월 27일에는 2,322명에 대하여 정치활동 해금 조치를 취하는 한편, 김종필은 63년 1월 18일 재건동지회(재건당)를 민주공화당으로 당명을 바꾸어 창당한다.
해금조치와 맞물려 김병로와 윤보선 등의 구 민주당 구파를 중심으로 하는 민정당, 과도정부 수반을 했던 허정이 구정치인들을 규합하여 만들려던 신정당, 구 민주당 신파세력이 박순천을 총재로 재건한 민주당, 김준연이 대표최고위원을 사퇴하고 김도연을 대표최고위원으로 영입한 자유민주당, 그 외에도 신흥당, 추풍회 등 야당들도 활발히 정치활동에 나서며 여러 정당이 출현하게 된다.
야당의 분열
1962년 국가재건 최고위원회의 헌법 개정으로 내각책임제가 대통령중심제로 바뀌고 양원제 국회가 단원제로 바뀐다. 그 개정 헌법에 따라 1963년 10월 15일 제5대 대통령 선거가 공고되었다.

민정당은 일지감치 5월 14일 전당대회서 윤보선을 대통령 후보로 선출한다.
7월 5일 민정당 윤보선 후보가 단일야당을 형성하여 군정을 매듭짓기 위해 대통령 공천 지명을 사퇴한다고 밝힌다.
8월 1일 민정당 일부, 전 자유당계, 족청계, 이범석의 민우당, 허정의 신정당 등 야 3당의 통합으로‘국민의 당’이 출범한다.
8월 27일 윤보선 후보는 국민의 당에 거당적 참여를 선언하며 대통령 불출마와 아울러 김도연 지지를 표명한다.
9월 3일 재야 정치지도자회의(당시 각 야당 대표인 김병로, 허정, 김도연, 백남훈, 장택상, 김준연 등) 및 민주당이 주동이 된 ‘야당 단일 대통령 추진협의회’ 연석회의에서 김도연을 제치고 허정이 후보로 결정된다.
9월 4일 김도연은 ‘국민여론이 윤보선씨를 적극 지지하고 있고 박정희 의장과 싸우기 위해서는 윤보선을 가장 강력한 야당 후보로 생각하기에 지원’한다며 윤보선에게 양보한다.
9월 5일 대통령 후보 지명 전당대회에서 민정당과 비 민정당 간의 극한 대립으로 대회가 무산된다.
9월 10일 민정당은 임시 전당대회를 개최하여 다시 윤보선을 대통령 후보로 선출한다.
9월 14일 국민의 당은 전당대회를 개최하고 유진산, 전진한, 윤제술 등 민정계 출신 대의원 다수의 자격을 정지시키고 대통령 후보로 허정을 선출한다.
결국 단일 야당 형성에 실패한 야권은 각자 후보를 선출하여 대선에 임한다.
10월 2일 국민의 당 허정 후보가 후보를 사퇴하고 10월 7일 옥중에 있던 자민당의 송요찬 후보도 사퇴한다
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