물별이끼는 얕은 물 속이나 습지에서 자란다. 줄기는 가늘고 물 속에서는 길게 자라고, 잎이 물 위에 뜬다. 물 속에 있는 잎은 길이 7∼15mm의 줄 모양이며 1개의 맥이 있고 끝이 편평하거나 파지며, 물위에 있는 잎은 길이 6∼12mm의 주걱형의 달걀을 거꾸로 세운 모양이거나 긴 타원 모양이며 밑 부분이 좁고 3개의 맥이 있으며 끝이 둥글거나 파진다.